Malik é filho de Patricia (Trisha), uma britânica, e Yaser, um britânico-paquistanês. Ele tem três irmãs: Doniya, Waliyha e Safaa. Zayn estudou na escola primária Lower Fields e mais tarde na Tong High School. Ele disse ter tido problemas em suas duas primeiras escolas por causa de sua descendência árabe, o que fez com que ele e suas irmãs procurassem por outra onde se adaptassem melhor.
Em 2010, ele fez uma audição solo na sétima edição do programa The X Factor, cantando "Let Me Love You", de Mario. Sua performance não foi mostrada inicialmente, mas exibida depois no extra The Xtra Factor. No campo de treinamento, ele cantou "Make You Feel My Love", de Bob Dylan, antes se ser rejeitado na categoria garotos e colocado no One Direction. Foi notado que ele estava nervoso durante o treinamento, e quando lhe foi dito que teria que dançar, ele decidiu não entrar no palco, correndo o risco de ser eliminado. Simon Cowell notou a falta de Zayn e o procurou para convencê-lo a retornar. Malik namorou Rebecca Ferguson, também candidata no X Faxtor, o que causou controvérsia por causa de diferença de seis anos entre eles; o relacionamento terminou depois de quatro meses.
